蛇神之骨秘境的入口位于稻妻区域的八酝岛蛇神之首头部下方。具体位置在蛇骨矿洞附近，需要通过解谜和完成前置任务才能开启。该秘境与远吕羽氏遗事系列任务密切相关，需先完成相关剧情才能解锁入口。
进入秘境前需激活两个雷灵作为解谜关键。玩家需从蛇神之首头骨部位向下探索，找到左右两侧的雷灵并引导它们归位至蛇眼位置。当雷灵充当眼睛后，第一层铁门会自动开启。这一过程需要观察环境中的雷元素痕迹，利用元素视野可辅助定位雷灵移动路径。
第二层铁门需通过特定机关顺序解锁。进入第一层后向内部前进，在第二层右手边可找到开关，调查后启动即可打开第二道门。第三道铁门需按照右下、左上、右上、左下的顺序激活机关，成功后即可进入最底层区域。底层包含宝箱、雷神瞳及石碑等探索要素。
若遇到秘境入口未开启的情况，需检查是否完成前置任务远吕羽氏遗事其三。该任务要求修复蛇骨矿洞的镇物，包括获取磐柱镶珠与磐柱镇石。镇物修复后，八酝岛南部雷暴天气将停止，返回蛇神之首区域才能正常触发秘境解谜。任务过程中需调整御引磐座与雷承之鉴的角度，使雷电传导至水罩核心。
秘境内部结构分为三层，最底层存在需要献祭血斛的石碑，完成交互可获得隐藏成就。探索时建议携带雷元素角色以应对解谜需求，同时注意收集场景中的雷种子用于穿越结界。秘境开启后永久有效，玩家可随时返回进行资源收集或完成遗漏的探索内容。
