首先需要找到荒海中间大树旁的三根雷元素柱子，绕着柱子走就能发现它们的位置。用雷元素角色激活这三根柱子后，中间圆柱里封印的门会打开，跳下去就能到达地底。进入后会发现一个图形谜题，按照前1、左3、左上2、右3、右上2的顺序修改雷柱就能解开这个谜题。解开后记得拿取旁边的宝箱奖励。
接下来要解锁石门需要触发两个仙灵。第一个仙灵在柱子附近，跳起来就能触发；第二个仙灵在大祓树左边，同样需要靠近触发。两个仙灵都触发后，石门就会自动打开。如果找不到仙灵，可以用元素视野来帮助定位它们的位置。
进入石门后会发现五个雷立方机关，需要让所有雷立方的花瓣面朝向同一个方向。初始状态下可以攻击中间方碑两下，或者尝试1号打两下、2号打两下的方法。如果顺序乱了，可以退出游戏重新登录，机关会自动复位到初始状态。解开这个机关后水位会下降，可以继续探索。
在探索过程中会遇到需要留念镜观察的小狐狸雕像，使用留念镜照一下会出现回忆和隐藏机关。记得带上雷种子角色，有些区域需要雷种子才能通过。水位下降后会出现新的通路，沿着水路游到尽头爬上来，还能发现更多解谜机关和宝箱。
最后要解开石门附近的樱花石块谜题，需要让所有石块共同朝向一面。攻击石块可以改变朝向，观察周围环境能找到正确方向的提示。解开这个谜题后就能完全打开荒海石门，获得最终奖励并继续后续任务。整个过程需要耐心观察和尝试，多利用游戏内的元素视野和道具会更容易发现解谜线索。
