神兽的捕捉是游戏进程中的重要环节。三大经典神兽火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的位置分布明确：火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，急冻鸟需要前往双子岛通过推石头堵住瀑布才能见到。超梦则隐藏在华蓝洞窟最底层，捕捉前需确保队伍中配备会冲浪和攀瀑技能的宝可梦。这些神兽的等级普遍在50级建议玩家在挑战前做好充分准备。
捕捉闪电鸟需前往枯叶市附近的无人发电厂，该神兽为电属性，建议使用地面系宝可梦抵抗其电系攻击，同时携带麻痹类技能限制其行动。火焰鸟作为火系神兽，出现在灯火山顶，岩石或水系技能能有效克制它。急冻鸟位于双子岛深处，需按特定顺序推动岩石堵住瀑布水流后方可进入其栖息地，冰系弱点使其对火系和格斗系技能较为脆弱。每只神兽都有固定刷新点，不会因时间变化而改变位置。
除三神鸟外，超梦的捕捉条件更为严苛。需先通关一周目，获得全国图鉴后前往华蓝洞窟。洞窟内地形复杂，野生宝可梦等级较高，建议携带足够数量的高级球和状态异常道具。超梦作为超能力系神兽，恶系和虫系技能能对其造成有效伤害。在彩虹群岛区域还可捕捉代欧奇希斯，需在第九座岛上完成拼图后出现，等级为30级，超能力属性使其对恶系技能毫无抵抗能力。
部分隐藏神兽如洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，同时具备超能系和飞行系属性。吉拉奇则栖息在幽灵塔顶层，需要通过层层机关才能到达。冰神柱的捕捉方式独特，需在双子岛滑冰场完成特定滑行路线，撞击岩石后才会现身。这些特殊神兽的捕捉往往需要完成前置任务或解谜，建议玩家在探索时注意环境细节。
将目标血量控制在1点，并施加睡眠或麻痹状态能显著提高捕获几率。高级球、计时球等特殊精灵球应根据战斗时长合理选用。队伍中建议携带会刀背打击技能的宝可梦以便精确控制血量，同时准备充足的回复道具应对持久战。不同神兽的刷新条件和战斗策略存在差异，提前了解属性克制关系至关重要。
完成神兽图鉴需要系统性的规划和准备。建议按区域顺序进行探索，从较易捕捉的三神鸟开始，逐步挑战高难度神兽。游戏后期可通过战斗探测器重复挑战训练师来提升队伍等级，一号岛灯火山温泉区域是效率较高的练级点。捕捉全部神兽不仅能完善图鉴，更能为对战设施提供强大的阵容支持。
